Covid-19：主人感染SARS-CoV-2，殃及宠物鼠

 

概要

 

关于SARS-CoV-2病毒从人传到动物身上的相关报道早已有之，涉及的动物种类包括雪貂、水貂、猫、兔子、仓鼠、老鼠、美国俄亥俄州和爱荷华州的白尾鹿、布朗克斯动物园的狮子和老虎，以及约翰内斯堡一家动物园的美洲狮和狮子。

2022年10月13日，法国研究人员发表在网站bioRxiv上的一篇论文中报告说，两只宠物鼠因主人染上新冠而感染了Omicron变体，其中一只出现了严重的症状。这一观察结果表明，家养啮齿动物，可能还有野生啮齿动物，可能有助于SARS-CoV-2的传播及其在这些动物中的演变。

该研究的观察结果涉及巴黎南郊的一名居民，他在2022年5月的第一周出现了类似流感的症状，有中度发烧、头痛、咳嗽、呼吸道不适和疲倦。八天后，这些临床症状都消失了。症状出现三天后（D3）进行的抗原检测是阳性的，第二天（D5）进行的RT-PCR检测也是如此。而这人有两只宠物鼠。在两只宠物鼠的血清中都检测到了穗状蛋白的IgG和IgM抗体。因此，研究人员认为这两只宠物鼠最近曾接触过SARS-CoV-2。据研究人员称，由于这两只啮齿动物被饲养在感染者公寓的笼子里，没有与其他动物接触，它们被SARS-CoV-2感染很可能是因为与主人频繁亲密接触。

 

 

Covid-19 : des rats domestiques contaminés par leur propriétaire infecté par le SARS-CoV-2

 

Deux rats domestiques ont été contaminés par le variant Omicron du SARS-CoV-2 à partir d’une personne infectée, rapportent des chercheurs français dans un article paru le 13 octobre 2022 sur le site de prépublication bioRxiv. L’un des rongeurs a développé des symptômes sévères.

 

Ces résultats sont présentés par Xavier Montagutelli, Bérénice Decaudin, Étienne Simon-Laurière et leurs collègues de l’Institut Pasteur (Paris) et du centre hospitalier vétérinaire Advetia (Vélizy-Villacoublay). Cette observation montre que des rongeurs domestiques, et sans doute aussi sauvages, pourraient contribuer à la diffusion du SARS-CoV-2 et à son évolution au sein de ces animaux.

 

La transmission de l’homme à l’animal du coronavirus SARS-CoV-2 a déjà été rapportée. Les espèces animales concernées incluent le furet, le vison, le chat, le lapin, le hamster, la souris, de même que le cerf de Virginie (white-tailed deer, littéralement cerf à queue blanche) dans les États de l’Ohio et de l’Iowa aux États-Unis, ou encore des lions et des tigres dans le zoo du Bronx, mais aussi des pumas et des lions d’un zoo de Johannesburg.

 

L’observation rapportée par les chercheurs français concerne un habitant de la banlieue sud parisienne qui, lors de la première semaine de mai 2022, a développé un symptôme pseudo-grippal avec fièvre modérée, maux de tête, toux, gêne respiratoire et fatigue.

 

Huit jours plus tard, ces signes cliniques avaient disparu. Un test antigénique, effectué trois jours après le début des symptômes (J3), s’est révélé positif, de même qu’un test RT-PCR réalisé le surlendemain (J5).

 

Cette personne possédait deux rats domestiques. Une semaine plus tard, soit sept jours après le résultat positif du test PCR (J12), un des rongeurs, un rat mâle âge de trois ans, a développé des symptômes : prostration, détresse respiratoire. L’animal respirait bouche ouverte et présentait un écoulement de larmes rouges au niveau des yeux, ce que l’on appelle une chromodacryorrhée. Ces écoulements de couleur rouge s’expliquent par la présence, de façon physiologique chez le rat et lors d’une infection virale, de porphyrine (un pigment biologique) dans les larmes. Ce rat, par ailleurs anorexique, éternuait souvent. Les deux rats ont été en contact étroit avec leur propriétaire qui leur faisait des câlins.

 

Le propriétaire des rongeurs emmène alors son rat chez le vétérinaire (J12) qui observe que le rongeur présente des symptômes très sévères (détresse respiratoire et léthargie). Un échantillon de sang est prélevé chez le rat en grande souffrance. L’état clinique du rongeur s’aggrave au cours des trois jours suivants. Il est alors décidé d’euthanasier l’animal (J15).

 

Onze jours plus tard (J26), c’est au tour du second rat d’éternuer, un mâle âgé de six mois. Un prélèvement de sang est réalisé sur le rongeur en vue d’une analyse sérologique.

 

Le propriétaire est infecté par le variant Omicron du SARS-CoV-2. En effet,  la mutation K471N a été détectée au test PCR effectué cinq jours après le début des symptômes et Omicron est retrouvé dans 100 % des séquençages aléatoires réalisés fin avril-début mai 2022, selon Santé publique France. De plus, les données du Centre national de référence (CNR) pour la région nord de la France indiquent que le variant Omicron BA.2 est dominant à ce moment-là.

 

Des anticorps IgG et IgM dirigés contre la protéine spike (à la fois de la souche ancestrale de Wuhan et du variant Omicron) ont été détectés dans le sérum des deux rats domestiques. Ces rongeurs ont donc bien été récemment exposés au SARS-CoV-2. Selon les chercheurs, dans la mesure où les deux rongeurs se trouvaient dans une cage dans l’appartement de la personne infectée, sans contact avec d’autres animaux, leur contamination par le SARS-CoV-2 est très probablement la conséquence de fréquents contacts étroits avec le propriétaire.

 

Alors que les premiers variants du SARS-CoV-2 étaient incapables d’infecter les rongeurs, les choses ont changé au cours de l’évolution du virus au sein de la population humaine au fil du temps. De multiples variants préoccupants ont émergé, devenus capables d’infecter des rongeurs dans des conditions expérimentales. Cet élargissement de l’ensemble des espèces susceptibles d’être infectées (ce que l’on appelle le spectre d’hôte) a été associé à l’émergence de changements dans la protéine spike, notamment à l’apparition de la mutation N501Y.

 

Extension du spectre d’hôte aux espèces murines

 

En mars 2021, cette même équipe de chercheurs de l’Institut Pasteur avait montré que de nouveaux variants préoccupants du SARS-CoV-2 sont capables, contrairement à la souche initiale de Wuhan, d’infecter des souris de laboratoire.

 

En décembre 2021, cette équipe avait rapporté que, contrairement aux variants initiaux du SARS-CoV-2 et au variant Delta, les variants Alpha, Bêta, Gamma, porteurs de la mutation N501Y,  peuvent facilement infecter des souris de laboratoire. La mutation N501Y réside dans un domaine de la protéine spike (RBD, receptor binding domain) fortement impliqué dans la capacité de liaison au récepteur ACE2, la porte d’entrée du SARS-CoV-2 dans les cellules qu’il infecte. Cette expansion du spectre d’hôte semble être liée à la présence de la mutation N501Y seule ou en association à des mutations supplémentaires dans la protéine spike.

 

Les chercheurs pasteuriens avaient alors non seulement montré qu’une souris infectée par le variant Bêta pouvait contaminer une souris par contact direct mais que cette dernière pouvait à son tour infecter une autre souris contact. Le variant Omicron renferme également la mutation N501Y mais aussi des changements au niveau des acides aminés 493 et 498, qui sont fréquemment le siège de modifications dans les souches de SARS-CoV-2 adaptées à la souris (obtenues après de multiples passages chez ce rongeur).

 

En novembre 2021, des chercheurs de l’université de Hong Kong ont rapporté dans la revue en ligne EBioMedicine que le variant Alpha (B.1.1.7, ex-variant anglais) et d’autres variants porteurs de la mutation N501Y (notamment Bêta, ex-variant sud-africain, et P.3 initialement détecté aux Philippines) avaient acquis la capacité d’étendre leur spectre d’hôte aux rongeurs.

 

Bien que les souris et les rats puissent être des animaux de compagnie, ces espèces vivent en majorité à l’état sauvage et entrent souvent en contact avec l’homme, soulignent les chercheurs pasteuriens. Or les résultats présentés aujourd’hui montrent qu’une infection de l’homme peut se transmettre au rat dans des conditions naturelles. De plus, la chronologie des signes cliniques présentés par les deux rats domestiques montre que le premier rongeur infecté a contaminé l’autre, à l’instar de ce qui avait donc été observé fin 2021 avec des souris de laboratoire.

 

Rongeurs sauvages, possibles réservoirs secondaires

 

« La possibilité que des rongeurs puissent héberger le SARS-CoV-2 et transmettre le virus à des congénères est en faveur de l’hypothèse selon laquelle des rongeurs sauvages peuvent devenir des réservoirs secondaires du SARS-CoV-2, dans lesquels le virus peut évoluer différemment que chez l’homme », déclarent les chercheurs.

 

Ces virologues et biologistes moléculaires estiment par ailleurs que les rongeurs devraient faire l’objet d’une surveillance épidémiologique aussi bien au niveau de l’interface homme-animal que dans leur environnement, en l’occurrence à la fois dans les grandes villes et dans les zones rurales.

 

De fait, l’hypothèse d’une évolution différente du virus dans des rongeurs de celle observée chez l’homme a été soulevée pour expliquer la détection de lignages atypiques (dits « cryptiques ») de SARS-CoV-2 dans les eaux usées.

 

Des chercheurs américains ont en effet rapporté en février 2022 dans la revue en ligne Nature Communications avoir détecté, à une fréquence croissante, la présence dans les eaux usées de la ville de New York de lignages de SARS-CoV-2 non déposés dans la base de données génomiques GISAID, qui répertorie pourtant l’ensemble des virus séquencés chez l’homme. Ces lignages renferment des mutations qui avaient jusqu’à présent rarement été observées dans les échantillons recueillis auprès de personnes infectées. Il apparaît que ces lignages partagent de nombreuses mutations avec le variant Omicron. Il s’avère que certaines de ces mutations sont susceptibles d’étendre le spectre d’hôte dans la mesure où, introduites expérimentalement dans des virus (pseudovirus), elles leur confèrent la capacité d’infecter efficacement non seulement des cellules humaines mais également des cellules de souris ou de rat exprimant le récepteur ACE2.

 

Une des hypothèses permettant d’expliquer la présence de ces lignages cryptiques dans la métropole new-yorkaise tient au fait que ces lignées virales proviendraient d’un réservoir animal non humain hébergeant le SARS-CoV-2, possiblement de plusieurs espèces animales et notamment d’un rongeur car susceptible d’être présent en grandes qualités et de façon continue près des bassins d’eaux usées, mais également susceptible d’excréter le virus dans les égouts.

 

À vrai dire, la piste du rongeur comme origine du variant Omicron n’est pas nouvelle. En novembre 2021, des chercheurs de l’Académie chinoise des sciences de Pékin ont rapporté, dans le Journal of Genetics and Genomics (revue éditée à Pékin en langue anglaise), une analyse de la séquence du génome d’Omicron. Elle suggère que ce variant ne dérive d’aucun de ceux qui circulaient antérieurement mais qu’il pourrait avoir une origine animale. Selon eux, les mutations dans le RBD, domaine de liaison au récepteur, correspondent de manière significative à celles connues pour favoriser l’adaptation de ce virus à un environnement cellulaire murin. Selon ce scénario, l’ancêtre (progéniteur) d’Omicron aurait donc pu être transmis de l’homme à la souris, aurait rapidement muté pour s’adapter à ce nouvel hôte, avant d’être ensuite retransmis à l’homme. Selon cette théorie, l’émergence d’Omicron ne serait donc pas la résultante d’une possible évolution du virus au sein d’un organisme humain immunodéprimé, mais la conséquence d’une évolution dans un hôte animal pendant plus d’un an avant qu’il ne migre à nouveau chez l’homme (spillback).

 

Santé humaine et santé animale sont interdépendantes. Toutes deux sont liées à la santé des écosystèmes dans lesquels elles coexistent. © Vet Record, BMJ.

 

Quoi qu’il en soit, les données récentes montrant que de nouveaux variants préoccupants du SARS-CoV-2 ont la capacité d’infecter des rongeurs (souris, rats) soulignent l’urgence de renforcer la surveillance épidémiologique dans une approche One Health (« une seule santé »), qui considère que les santés humaine, animale et environnementale font partie d’un tout. Il s’agit là d’un enjeu majeur tant pour la pandémie actuelle de Covid-19 que celles à venir.

 

Source：

Le Monde

Publié le 17 octobre 2022

 

 

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